Desde el tramo próximo al crucero por la parte sur,y cruzando el Patio del Compás se accede al claustro por una puerta llamada puerta de los monjes. El claustro o patio consta de dos alturas siendo la de abajo del siglo XIII y la superior del XVI. Las galerías están divididas por arcos fajones en seis tramos cuadrangulares más el tramo común de las esquinas, cubriéndose con bóveda de crucería. Las arquerías del piso bajo constan de tres arcos de medio punto inscritos en otro arco apuntado, de descarga, en cuyo tímpano se abre un pequeño rosetón. Las columnas son dobles y su fuste es de una pieza. Los capiteles presentan temas vegetales.
En el piso alto se da la decoración de finales del gótico junto con la incipiente renacentista. Los arcos son de medio punto y en sus dovelas y en el intradós se ve una decoración de tallas floreadas. En las enjutas se tallaron con buena mano unos medallones con rostros de personajes; uno de esos medallones representa una calavera, símbolo muy frecuente en el Renacimiento. El claustro también fue motivo de restauración cuando se hicieron las obras del resto de las dependencias del monasterio en el año 2001.
